Towarzystwo "Dom Uphagena" powstało w maju 1990 r. jako jedno z pierwszych stowarzyszeń utworzonych w Gdańsku po demokratycznych zmianach. W najwcześniejszym okresie działalności zarząd i członkowie skupieni byli na staraniach o rozpoczęcie prac adaptacyjnych a następnie na wspieraniu rewaloryzacji Domu Uphagena. Towarzystwo organizowało koncerty i wieczory literackie w pustych, znajdujących się jeszcze w stanie surowym wnętrzach kamienicy przy ulicy Długiej 12.
W latach, gdy prowadzone były prace konserwatorskie w uphagenowskiej kamienicy Towarzystwo wspierało te prace, kupowało także do zbiorów nowego muzeum dokumenty związane z rodziną Uphagenów a także przedmioty do wyposażenia wnętrz (np. naczynia ceramiczne).
Po udostępnieniu dla publiczności w 1998 r. Domu Uphagena można było pomyśleć o nowej roli Towarzystwa "Dom Uphagena". Zmieniony został statut, wprowadzono do niego nowe cele działalności, m.in. bardzo ważna stała się popularyzacja wiedzy o historii i kulturze Gdańska oraz Pomorza.
W 2005 r. zainaugurowany został cykl wykładów Kultura dawnego Gdańska, który jest kontynuowany. Jeden z członków Towarzystwa opracował i prowadził zajęcia edukacyjne dla dzieci i młodzieży poświęcone historii Gdańska.
Towarzystwo jest też współorganizatorem sesji naukowych i koncertów muzyki dawnej odbywających się w Domu Uphagena.
Konto bankowe:
Towarzystwo "Dom Uphagena"
Bank Polska Kasa Opieki S.A., Oddział w Gdańsku, ul. Ogarna 116
44 1240 5400 1111 0010 1994 3957