Władze Towarzystwa w latach 2014−2019:
Dr hab. Sławomir Kościelak
Prezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, adiunkt w Zakładzie Historii Nowożytnej Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego, kierownik Studiów Podyplomowych Gedanistyka na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Gdańskiego, przewodniczący Komitetu Głównego Olimpiady Wiedzy o Gdańsku,
Prof. dr hab. Edmund Kizik
Wiceprezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, kierownik Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN, kierownik Zakładu Historii Nowożytnej Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego.
Dr Jacek Stolarski
Skarbnik Towarzystwa Dom Uphagena. Muzyk, prezes Stowarzyszenia Muzycznego Forza.
Dr Ewa Barylewska-Szymańska
Sekretarz Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk sztuki, kierownik Domu Uphagena - Oddziału Muzeum Historycznego Miasta Gdańska, adiunkt w Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN.
Dr Zofia Maciakowska
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk architektury, adiunkt w Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN, współpracownik Agencji Rewaloryzacji Dart.
Dr Piotr Paluchowski
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. doktor nauk humanistycznych o specjalności historia nowożytna. Zatrudniony jako asystent w Zakładzie Historii i Filozofii Nauk Medycznych Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego oraz adiunkt w Dziale Historii Muzeum Historycznego Miasta Gdańska.
Władze Towarzystwa w latach 2003−2014:
Prof. dr hab. Edmund Kizik
Prezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, kierownik Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN, kierownik Zakładu Historii Nowożytnej Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego.
Dr Dariusz Kaczor
Wiceprezes Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk, pracownik naukowy Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego.
Dr Jacek Stolarski
Skarbnik Towarzystwa Dom Uphagena. Muzyk, prezes Stowarzyszenia Muzycznego Forza, rzecznik prasowy Akademii Muzycznej w Gdańsku.
Dr Ewa Barylewska-Szymańska
Sekretarz Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk sztuki, kierownik Domu Uphagena - Oddziału Muzeum Historycznego Miasta Gdańska, adiunkt w Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN.
Dr Zofia Maciakowska
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk architektury, adiunkt w Pracowni Historii Gdańska Instytutu Historii PAN, współpracownik Agencji Rewaloryzacji Dart.
Władze Towarzystwa w latach 1990−2003:
Mgr inż. Jacek Dyżewski
Prezes Towarzystwa Dom Uphagena. Współwłaściciel firmy Konserwatorskiej "Dart"
Dr inż. Andrzej Januszajtis
Wiceprezes Towarzystwa Dom Uphagena. Fizyk. Emerytowany pracownik naukowy Politechniki Gdańskiej
Mgr inż. Bartłomiej Wieloszewski
Skarbnik Towarzystwa Dom Uphagena. Współwłaściciel firmy Konserwatorskiej "Dart"
Mgr Ewa Barylewska-Szymańska
Sekretarz Towarzystwa Dom Uphagena. Historyk sztuki. Kierownik Domu Uphagena, oddziału Muzeum Historii Miasta Gdańska
Mgr Wojciech Konieczny
Członek Zarządu Towarzystwa Dom Uphagena. Redaktor Radia Gdańsk
Komisja rewizyjna w latach 2009-2013:
- Mgr Irena Pawlukiewicz
- Mgr Grażyna Szumska-Józefiak
- Dr Jacek Friedrich
- Komisja rewizyjna w latach 2004-2008:
- Dr inż. arch. Bogna Lipińska
- Art. plast. Grażyna Kunicka
- Mgr Irena Pawlukiewicz